Etudes issues d'EIL microbiologie de l'eau

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AGLAE exploite les données de séries de comparaisons interlaboratoires et en tire notamment des informations sur les méthodes d'analyse ou encore sur les dispersions interlaboratoires. Ces études ont pour but d’informer les laboratoires d'analyse.

Par ailleurs, elles peuvent aider à comprendre les écarts ou constats que les laboratoires peuvent eux-mêmes observer. Les études suivantes ont été menées en biologie :

 

Mise en application de l'ISO 8199 relative aux examens microbiologiques sur milieu de culture

Le document est destiné aux opérateurs microbiologistes pour leur permettre de vérifier les modifications intervenues entre la version 2008 et la version 2018 de la norme et pour les accompagner dans l’application des dispositions actuelles grâce notamment à des illustrations et à des exemples numériques.

 

A noter qu'il ne se substitue en aucun cas aux dispositions décrites dans la norme ISO 8199 (2018) elle-même, il a pour objectif d’énumérer et d’illustrer les principaux changements intervenus. Quelques exemples :
-        La limite basse de détermination à 10 colonies cibles par prise d’essai 
-        La limite haute de comptage sur le nombre total de 80 colonies pour les méthodes par filtration milieu de culture
-        Le calculateur pour l’expression du NPP sur la totalité des puits ensemencés avec indication de la probabilité du ‘code NPP’ 
-         …

 

Téléchargez la note ISO 8199 - Mise en application

Recherche et dénombrement des coliformes et d'E.coli - Incertitude associée à la couleur des colonies observées sur milieu CCA

La méthode normalisée internationale ISO 9308-1 de recherche et de dénombrement dans l’eau des germes coliformes et plus spécifiquement de l’espèce Escherichia coli a été modifiée fin 2014.

Elle consiste dorénavant en l’utilisation d’un milieu de type nouveau pour le domaine de l’analyse de l’environnement : un milieu chromogène, le Chromagar, dont la lecture repose sur la couleur des colonies. Si la colonie est pigmentée de bleu, il s’agit d’Escherichia coli. Si elle est rose, il s’agit d’un autre coliforme.

 

Quel est l’ordre de grandeur des variations de couleur d’une souche à l’autre ? Et quelle est l’incertitude associée à la perception de cette couleur par leE.coli microbiologiste ?

Pour tenter de répondre à ces questions, et par là même évaluer la praticabilité et l’efficacité de la nouvelle méthode, AGLAE a mené une expérimentation en 2015.

 

Les résultats de cette étude réalisée sur un petit nombre de souches sont mitigés.

  • Point positif : malgré des écarts significatifs de couleur d’une souche à l’autre et malgré des divergences entre microbiologistes dans la perception de ces couleurs, il apparaît que la pigmentation du centre des colonies est un critère fiable.
  • Mais il apparaît aussi que sur les petites colonies la pigmentation n’est pas suffisamment développée.
  • Enfin, et c’est là un peu plus inquiétant, parmi les souches testées plusieurs présentent des réponses singulières ; en particulier pour la distinction des Escherichia coli avec les autres coliformes.

Au niveau français, cette méthode n'est pas en application mais pourrait devoir l’être ; selon ce que décideront les pouvoirs publics chargés du contrôle sanitaire.

 

Téléchargez l'étude Analyse de coliformes et E.coli sur CCA - incertitude couleur

 

En complément, un résumé du principe, utilisation et retours d'expérience du milieu CCA  dans le cadre de l'ISO 9308-1 : 

ISO 9308-1 - Milieu CCA : principe - utilisation - retours

Les barèmes de fidélité en microbiologie de base, Ps. aeruginosa et staphylocoques pathogènes sur eaux propres - Débouchés sur les incertitudes

 

Près de 15 années d’expérience ont été exploitées pour vous aider à comprendre et interpréter les barèmes de fidélité en microbiologie de base et pour certains pathogènes sur eaux propres. 

 

L’évolution de la reproductibilité en fonction du niveau de charge bactérienne est présentée dans l'objectif d'appréhender statistiquement la variabilité des dénombrements bactériens en routine. Plus précisément les paramètres suivants étaient concernés : bactéries coliformes, Escherichia coli, germes revivifiables à 22°C et 36°C, entérocoques intestinaux, spores de germes anaérobies sulfito-réducteurs, Pseudomonas aeruginosa et staphylocoques pathogènes.  

 

Ps. aeruginosa

Les matrices utilisées pour préparer les échantillons étaient des eaux de distibution chlorées et neutralisées ou seulement neutralisées pour certains essais. Pour la plupart des paramètres, un dopage avait été réalisé principalement avec des souches cultivées en bouillon.

 

Les liens directs avec les calculs d'incertitude de mesure à l'échelle de la profession et les perspectives en termes d'outils de calculs sont discutés.

 

Téléchargez l'étude Barèmes de fidélité en microbiologie

Retour d’information sur la mise en œuvre de la NF T 90-431 (2014) 'Recherche et dénombrement de legionella spp et de legionella pneumophila' à travers EIL AGLAE

Fin 2014, l’AFNOR a diffusé une nouvelle version de la norme NF T90-431 relative à la recherche et au dénombrement de Legionella spp et de Legionella pneumophila. Des modes opératoires aux calculs des rendements de référence, des modifications majeures ont été apportées à cette nouvelle version de la norme portant sur la « Méthode par ensemencement direct et après concentration par filtration sur membrane ou centrifugation ».

AGLAE a accompagné ses adhérents dans la mise en place de la nouvelle version de la norme en les informant des changements, en attirant leur attention sur les mises au point et les validations qu’ils allaient devoir mettre en œuvre, en leur proposant de participer à des essais interlaboratoires spécifiques sur le nouveau protocole et enfin, en leur restituant les premiers éléments des performances obtenues sur la nouvelle méthodologie.

Dans la présente note technique, AGLAE présente un bilan des observations réalisées en 2015 sur la pratique de la nouvelle norme NF T90-431 (2014) sur eaux propres et eaux sales.colonies de legionelles

Différents points sont abordés :

  • L’évolution du nombre d’adhérents mettant en œuvre en routine la nouvelle version NF T 90-431 (2014) ;
  • La dispersion des mesures répétées observée lors de l’étape de filtration de 10 ml sur eaux propres ;
  • Les rendements de référence déclarés par les laboratoires pour les essais sur eaux propres de 2015 ;
  • Le temps d’agitation par vortex déclaré par les participants pour le cas des eaux sales.

Ces informations sont des « instantanés » sur la mise en oeuvre des modalités de la norme révisée, ceci au premier et au troisième trimestre 2015, qui permettront à tout laboratoire de positionner ses performances par rapport à l’ensemble de la profession.

 

Téléchargez l'étude Retour d'informations norme légionelles 2014

Recherche et dénombrement de Legionella spp et de Legionella pneumophila : PCR quantitative versus culture sur milieu GVPC, un exemple issu des essais interlaboratoires AGLAE

En 2013, AGLAE a soumis un même matériau d’essai (type eau chaude sanitaire) d’une part à des laboratoires (au nombre de 263) procédant à l'analyse des légionelles par culture sur milieu GVPC, et d’autre part à des laboratoires (au nombre de 36) procédant par PCR. L’examen des résultats obtenus a permis de comparer les deux méthodes en termes de niveau de réponse et de fidélité (répétabilité, mais surtout reproductibilité).

Les conclusions de cet exemple ponctuel concordent avec les observations déjà réalisées, notamment celles publiées dans la littbacterie legionelleérature scientifique :

  • Un facteur 10 a été observé entre la réponse du mesurande ‘q-PCR’ et la réponse du mesurande ‘culture sur GVPC’.
  • Quant à la reproductibilité de l’une et l’autre des méthodes, elles ne se révèlent pas radicalement différentes. Le coefficient de variation de la reproductibilité des données en log se situe dans les deux cas autour de 5%.

Dans le contexte des réflexions de la Direction Générale de la Santé et des travaux de l’ANSES autour de l’introduction de la PCR pour le contrôle sanitaire des eaux, cette étude confirme l’intérêt de l’utilisation de la q-PCR comme méthode rapide de détection et de dénombrement de Legionella et Legionella pneumophila.

 

Téléchargez l'étude Legionella par PCR versus par culture